No século XVII, teve início, no Norte do Piauí, a imposição da Fé Católica, quando Portugal adotou a política do aldeamento, que consistia na concentração dos índios que ocupavam uma grande região, numa ocupação pontual, liberando, assim, as terras para a instalação de fazendas pelos colonos.
Nos meados do século XVII, passou pelo litoral do Piauí, o padre da Companhia de Jesus, Antônio Vieira. Veio do Ceará com destino a São Luís e, em 1660, vindo de regresso do Maranhão, tinha como destino a Serra da Ibiapaba, onde depois visitou missões jesuíticas, das quais era o superior. Ao cruzar o Delta do Parnaíba, julgou ter atravessado vários rios diferentes. Denominou o Rio Parnaíba de Paraguaçu, denominação oficial pelo Conselho Ultramarino de Lisboa, por muitos anos. Fez contato com os tremembés, ensinando-lhes a Fé Católica. Era amigo dos índios, com isso ganhou a antipatia dos colonos que pretendiam escravizá-los e possuir suas terras.
Na segunda metade do século XVII, a ocupação do Piauí foi intensificada com a chegada dos colonos, que vieram com a intenção de aprisionar índios, para vendê-los escravizados, e depois, de ocupar as suas terras com a instalação de currais para o gado bovino.
No início, quando o Piauí se formava, a Igreja Católica assumiu o papel de principal elemento da organização administrativa. A criação de uma Freguesia representava o embrião de um futuro povoado. Em carta de 1656, o padre Antônio Vieira nos dá a entender que nessa época as tribos do litoral do Piauí já recebiam a evangelização. O Brasil contava com uma Diocese, a de Salvador, Bahia, criada em 1511, pelo Papa Júlio III. Em 1676, esta passou a ser Arquidiocese, com a criação de duas Dioceses: Olinda, Pernambuco; e Rio de Janeiro. Um ano depois, foi criada a de São Luís, Maranhão. No Norte do Piauí, a primeira Freguesia criada foi a de Nossa Senhora do Carmo, ficando as terras eclesiásticas do litoral, subordinadas a Igreja de Piracuruca, que por sua vez, tinha a administração do Bispado do Maranhão.
No início do século XVIII, Parnaíba era um pequeno povoado chamado Arraial Novo. A região do Delta do Parnaíba era assistida pelos jesuítas. O padre Miguel de Carvalho foi um dos que defendeu o interesse dos tremembés, bem como o padre João Tavares.
Ainda no início do século XVIII, chegou, ao litoral do Piauí, o sertanista baiano Pedro Barbosa Leal e o seu administrador João Gomes do Rego Barros. Leal era representante da Casa Torre da Bahia, dos Garcia D’Ávila, importantes latifundiários que, através de seus desbravadores, situaram muitas fazendas de gado no Piauí, sendo o principal deles, Domingos Afonso Mafrense. Leal e o seu administrador fundaram, nas terras que formam Parnaíba, uma vila que a princípio prosperou, mas depois entrou em decadência. Esta vila teve como padroeiro São Bernardo, sendo o primeiro Santo a dar proteção aos fiéis do litoral do Piauí. Em 1711, Leal pediu à cúria de São Luís, Maranhão, permissão para construir uma Capela dedicada à Santa de sua devoção, ficando o lugar conhecido como Vila de Nossa Senhora de Monserrathe da Parnahiba, a segunda Santa protetora das terras parnaibanas, com a imagem vinda de Portugal, senhora protetora dos navegantes.
Em 1712, os índios do Norte do Piauí revoltados com as atrocidades praticadas pelos colonos, revoltaram-se numa sublevação conhecida como Confederação dos Tapuias do Norte, liderados pelo índio Mandu Ladino. Os índios que sobreviviam aos massacres assistiam os brancos queimarem os objetos de adoração de seu povo, e revoltados passaram a atacar e destroçar igrejas. Como medida de proteção, Leal remeteu a imagem de Monserrathe para Piracuruca, de onde nunca mais voltou. Mandu foi morto pelo sargento-mor da Vila de Nossa Senhora de Monserrathe da Parnahiba, Manoel Peres Ribeiro, tentando escapar de seus perseguidores atravessando o Rio Igaraçu, em frente à dita Vila.
Em 1723, na ilha do Caju, no Delta do Parnaíba, o padre João Tavares chefiava uma missão na aldeia dos tremembés. Os padres da Companhia de Jesus continuaram, até a primeira metade do século XVIII, a dar assistência aos índios.Nos meados do século XVIII, percorreu as terras do Piauí, o padre italiano Gabriel Malagrida. Como jesuíta, esteve em prodigiosas missões. Por volta de 1749, fundou o Seminário da Parnaíba, dedicado a Santa Úrsula, em terras que hoje formam o município do Buriti dos Lopes.
Em 1728, deixava o governo do Estado do Maranhão e Grão Pará, João da Maia Gama. Atendendo pedido do rei de Portugal Dom João V, o governador fez inspeção às capitanias da sua jurisdição. Como o Piauí fazia parte desta, Maia da Gama chegou a Vila de Nossa Senhora de Monserrathe da Parnahiba, registrando a sua passagem no seu diário que foi reproduzido no livro Um Herói Esquecido: João da Maia da Gama (1944) por Oliveira Martins.
Quando o primeiro governador do Piauí, João Pereira Caldas, instalou a vila de São João da Parnaíba, solenidade realizada no então povoado de Piracuruca, em 1762, foi registrado na ata, uma descrição da sede da vila, onde aparece uma Capela dedicada a Nossa Senhora de Nazaré, a quarta protetora do lugar. Até a criação da paróquia de Nossa Senhora da Graça, em 1805, Parnaíba teve como padroeiro, São João, o quinto protetor, uma homenagem ao primeiro governador.
Com a construção da Igreja-Matriz de Nossa Senhora Mãe da Divina Graça, a sexta e atual padroeira, várias Irmandades foram criadas, para o sustento e ordenação da Fé, na Parnaíba. Entre os beneméritos dessa Igreja, estão: os Dias da Silva, a família de João Paulo Diniz, a família de Miranda Osório, a família de João José de Salles, entre outros.
Para a divulgação da Fé Católica entre os pobres e cativos na vila de São João, foi construída a Igreja de Nossa Senhora do Rosário, que se destacava também no largo da Matriz, situação que não era comum para a época, onde os negros e pobres não ocupavam o mesmo espaço. Parnaíba se tornou historicamente quase ímpar, quando o assunto é a quantidade de padroeiros. Hoje, é sede da Diocese de Parnaíba e tem como padroeira Nossa Senhora Mãe da Divina Graça, e uma cidade repleta de bairros com nomes de Santos católicos.
Assim, entre 1711 e 1762 a cidade de Parnaíba foi a Vila de Nossa Senhora de Monserrathe da Parnahiba. 11 de Junho de 1711 é a data da petição de Pedro Barbosa Leal pedindo ao Bispado de São Luís do Maranhão, licença para construção da Capela dedicada a Nossa Senhora de Monserrathe da Parnahiba, documento que simboliza a certidão de nascimento da cidade da Parnaíba.